卡托研究所的理念深扎于约翰·洛克和亚当·斯密的古典自由主义传统。卡托的学者经常从许多不同哲学和宗教的角度来探讨各种议题，举例而言，2005年一本由卡托的贸易政策研究部门学者Dan Griswold发行的小册子，便从基督教的观点申扬个人自由的立场。卡托研究所的政策分析家Will Wilkinson也曾主张以综合哈耶克与约翰·罗尔斯理论的方式来替自由原则辩护。

三名诺贝尔奖得主的学者对卡托研究所的理念有特别深刻的影响，米尔顿·佛利民首先提出了学校自由选择制度（School choice）的概念，之后便成为卡托教育自由中心一直提倡的政策。佛利民也影响了卡托研究所在其他许多议题的立场，包括了货币主义以及停止征兵和反毒政策的理论。弗里德里克·哈耶克所提出的自愿秩序概念以及强调价格机制的重要性也对卡托研究所的许多学者有深刻影响。詹姆斯·布坎南在公共选择学派上的理论也影响了卡托研究所对政府的各种计划和政策提出的深刻批判。

艾茵·兰德的客观主义哲学对卡托研究所有极大影响，客观主义与自由意志主义共同主张个人自由、自由市场以及小政府的理念。在1997年卡托的副所长大卫·伯阿兹（David Boaz）写道所有的客观主义者都必然是自由意志主义者。

与保守派的冲突

在共和党于1994年的国会选举大胜之后，卡托研究所经常被视为是美国保守主义政治运动的重镇之一。在20世纪后半重塑并重振了共和党以及保守主义运动的贝利·高华德与罗纳德·里根也都曾受到自由意志主义理念的深刻影响。

不过，卡托研究所在正式上一直拒绝被称为保守主义智囊，因为“保守派代表了一种对改变的反抗、以及一种企图保持现状的心态”。随着卡托研究所对于共和党主流的尖锐批评，这样的矛盾关系在近年也开始越来越明显。逐渐扩大的冲突可以归咎于共和党官方逐渐支持的ㄧ些政府干预经济和社会的政策、对于政府开支的扩张、以及新保守主义的外交政策。

卡托的学者对于乔治·沃克·布什任期下行政部门权力的扩张提出许多尖锐批评，同时也批评他对伊拉克战争的政策。在2006年和2007年卡托研究所还特地出版了两本书，批评共和党在从1994年掌权后对于小政府理念的逐渐抛弃和背叛。举例而言，布什总统在2005年提出的民营化社会福利制度的提案只获得一小部份共和党国会议员的支持，而民营化社会福利制度的概念一直是卡托研究所长年来所提倡的。在109届的国会会期里，布什总统以卡托学者Dan Griswold提议为基础所构画的移民政策改革甚至在大量保守派的共和党国会议员主导下遭到封杀。

与客观主义的紧张关系

尽管两者在政治议题上都有几乎完全相同的立场，自由意志主义的卡托研究所与客观主义的各种机构之间的关系并不总是非常和谐。艾茵·兰德在世时一直藐视当时发展中的自由意志主义运动，兰德的精神继承人列奥那多·培可夫（Leonard Peikoff）也坚持兰德的立场，拒绝与任何自由意志主义组织来往－包括卡托研究所在内。其他客观主义的机构，尤其是阿特拉斯社会（Atlas Society）则对卡托研究所表现出比较友善的态度。在2007年10月一场由阿特拉斯社会主办庆祝《阿特拉斯摆脱重负》出版五十周年的纪念会上，卡托研究所的所长和创办人Ed Crane还表示他和其他卡托的成员都也自认为是客观主义者，他强调客观主义者与其他自由意志主义者都是自然的战友，并且鼓励客观主义者与主流的自由意志主义动合作交流。卡托研究所的领导人长年来一直企图化解客观主义与自由意志主义之间的紧张关系。

依据研究所的格言，卡托研究所支持的是那些可以促进“个人自由、小政府、自由市场、以及和平”的政策。卡托的学者在各种政策上都保持自由意志主义的立场，主张减少政府对于国内社会和经济的干预，并且减少在国际上的军事和政治干预。ㄧ些卡托研究所提倡的政策包括了废止最低工资管制、改革反毒品政策、废止企业补助和贸易壁垒、减少联邦政府对市场运作以及地方州政府的干预、深化自由学校选择制度、废止政府实行的族群歧视政策－包括已经实行多年的种族资料建档以及积极行动（affirmative action）政策，并且减少对于私人领域歧视的管制。

卡托研究所在1995年开始了社会福利民营化计划，并在2002年将其重命名为社会福利选择计划。卡托研究所强调应该让美国人民个人自行选择是否参与或退出社会福利制度。如同其他支持个人化健保储蓄账号概念的组织，卡托的学者也避免使用“民营化”一词来描述他们的政策，因为当前这一词对美国大众而言带有些许负面含义。

卡托研究所的社会福利政策提议包括了让劳工可以选择是否将他们的社会福利费用存入一半至个人的账户，并且放弃在这之后的任何累积的社会福利津贴。而对选择了这项措施的劳工，剩余的社会福利津贴则可以被以债券方式转售，让愿意的劳工可以重复投资福利津贴换取更高的未来收入。不过对这些劳工，本来会以雇主名义投入社会福利账号的薪资税金将会改投入其他仍然选择保持旧制度的人的账号里。

卡托的学者强调当前的社会福利制度是无法长久维持的，并且必将需要未来的增税和津贴减裁来维持平衡。由于当前制度下“工作便要缴费”的本质，现职的劳工被迫要纳税支撑过去的劳工（已退休的），当现职劳工与退休劳工比例差距缩减后，现职劳工便会背扛越来越多薪资税的负担。卡托的学者也强调福利津贴的可继承性，与当前制度不同的是，卡托的计划将会允许那些在达到退休年龄前便去世的劳工将他们累积的个人社会福利储蓄继承给子女。在2003年，卡托研究所主张若是政府减低对企业的补助，布什总统的社会福利制度民营计划其实可以获得足够资金。

在近年来，卡托研究所的不干涉主义外交政策以及对于公民自由的坚定支持，使卡托的学者经常批评政府的许多政策－无论民主党和共和党。卡托的学者反对了乔治·赫伯特·沃克·布什总统在1991年发起的波斯湾战争、比尔·克林顿对海地和科索沃的干预、以及乔治·沃克·布什总统在2003年发起的伊拉克战争。不过卡托研究所支持了2001年对阿富汗的入侵以作为对911恐怖攻击事件的回应。

卡托的政策分析者也经常批评近年来政府政策对于公民自由所构成的侵犯，他们尖锐批评司法部长珍妮特·雷诺（Janet Reno）在1993年攻击德州瓦科市大卫教派本营的决定。而最近卡托研究所也反对了美国爱国法（USA Patriot Act），以及对涉嫌恐怖行动的外籍人士的未审拘禁，并且也批评布什总统第二届任内对于执政权力的强硬扩张。

卡托研究所定期举办许多与全球暖化及全球暖化怀疑论有关的研讨会。在2003年的研讨会包括了环保和生态学者Patrick Michaels、Robert Balling、和John Christy等人。Balling和Christy还主张全球暖化虽然在某种程度上可以被归咎为人类制造的现象，没有人知道有什么方式可以在短期内停止全球暖化发生。国际性的协议像是京都协议书和联合国的气候改变协议框架，都不会在政策实行的期间内（例如50年或更长）对平均的气温有任何的影响－即使是所有国家皆合作亦然。

卡托研究所与主流科学界的关系曾经一度紧张，举例而言，当Sarah Darby等专家指出住宅区氡扩散会对大众健康造成影响时，卡托的研究员Steven Milloy便曾撰文批评这些科学家的研究。

卡托研究所在1998年对许多州分与烟草公司达成的反垄断协议提出相当尖锐的批评。除了其他各种自由放任的政策外，卡托的学者也提议开放更多移民到美国工作。

卡托研究所还提议一种用以平衡预算的美国宪法修正案，用以作为减少美国政府预算赤字的自我监督机制。

在2003年卡托研究所表态支持最高法院在劳伦斯诉得克萨斯州一案里的判决，禁止剩余的几个州分继续非法化私人之间的同性恋关系。卡托研究所以第14号宪法修正案来作为他们立场的主要依据。

除此之外，卡托的学者也对当前美国的反毒品政策有尖锐批评，并且批评美国执法单位越来越军事化的执法手段。

卡托研究所被美国税务局登记为501(c)(3)的非营利组织，研究所并不进行契约性的研究，同时也不接受政府的补助。在研究所资金来源上，卡托研究所主要是依靠民间的私人资助。依据其年度报告，卡托研究所在2007年获得$2040万美元的资金，而支出则是$1940万元。年度报告也指出卡托研究所有74%的收入是来自个人捐款、15%来自其他基金会、3%来自私人企业、8%来自其他计划和收入（例如出版盈利、学费）。

资助卡托研究所的组织包括了：

Castle Rock Foundation

Charles G. Koch Charitable Foundation

Earhart Foundation

JM Foundation

John M. Olin Foundation, Inc.

Claude R. Lambe Charitable Foundation

Lynde and Harry Bradley Foundation

Scaife Foundations (Sarah Mellon Scaife, Carthage)

如同其他大多数智囊，卡托研究所获得来自各种企业的资助，不过企业资助仍然只是研究所次要的资金来源。举例而言，2007年的研究所财务报告里，私人企业的资助只占其预算3%的款额。

依据卡托研究所的说法，较少的企业资助使研究所得以在政策研究上保持更为中立客观的立场。在2004年卡托研究所发表了一篇支持“药品重进口”的文章，激怒了美国国内的制药产业。在2006年研究所则批评了千禧电子版权法案（Digital Millennium Copyright Act）。卡托研究所也曾尖锐批评那些被他们称为“公司福利”（corporate welfare）政策－亦即那些政府官员以纳税人资金对私人企业的补助，通常是透过预算开支的形式，来补助那些与政治人士关系亲密的企业。举例而言，2002年时卡托研究所的所长于华盛顿邮报投稿了一篇呼吁抵制共和党能源法案的文章，主张那则法案只会让华盛顿特区的各种游说团吸取更多的政治资金。同样的在2005年，卡托的学者Jerry Taylor再度批评共和党的能源法案是对于企业游说团的政治勾结。

许多卡托研究所的成员都是学界知名的人物，包括了诺贝尔经济学奖得主弗里德里克·哈耶克、詹姆斯·M·布坎南、以及弗农·史密斯。卡托的资深研究员兰迪·巴内特是2004年最高法院Gonzales v. Raich一案里的律师。卡托的研究员P. J. O'Rourke是畅销书《妓院国会，世界上所有问题的制造者》的作者卡托的政策分析家Radley Balko在2006年最高法院的Hudson v. Michigan一案里被法官Breyer引述，反对“没有敲门”的执法突袭。

2005年12月，卡托的研究员Doug Bandow承认曾从游说客阿布拉莫夫收取资金并在Copley Press报上撰写有利于阿布拉莫夫的评论。不过刊登的评论实际上并非Bandow自己的观点。Bandow在12月15日从卡托研究所辞职。

1999年，知名的环保科学家David Rall于车祸中丧生。当时担任卡托研究员的Steven Milloy在其个人网站庆祝其去世，还写道：“一个一直把老鼠接触化学元素的成果拿来冒充人体副作用宣传、浪费数百万美元公共和私人资金的垃圾科学家终于死了。”卡托研究所的所长Ed Crane表示Milloy的个人攻击是相当缺乏判断力和礼貌的，但Milloy仍然拒绝道歉。他一直保持卡托的职位直到2005年底。在后来又因被指称与烟草公司有资金往来的争议传出后，Milloy的名字被从卡托网站移除。

自从2000年以来，卡托研究所每隔两年便会颁发“米尔顿·佛利民伸张自由奖”给那些“对于伸张人类自由有杰出贡献的个人”。奖项的奖金还高达50万美元。

过去的得奖主

Peter Thomas Bauer - 2002

Hernando de Soto - 2004

马尔特·拉尔（Mart Laar） - 2006

大卫·伯阿兹（David Boaz）, 副所长

Edward H. Crane, 所长和CEO

Jagadeesh Gokhale, 资深研究员

Daniel T. Griswold, 贸易政策研究中心主任

Andrey Illarionov

Brink Lindsey, 研究部副所长

William A. Niskanen, 主席

Tom G. Palmer, 资深研究员, 卡托大学院长

Roger Pilon, 法律事务中心副所长

José Piñera, 社会福利选择计划共同主席

Alan Reynolds, 资深研究员

John Samples, 代议政府研究中心所长

Jerry Taylor. 资深研究员

Ian Vásquez, 全球自由与繁荣研究中心所长

Will Wilkinson, 政策分析员

Sigrid Fry-Revere, 生物伦理研究所长

Donald J. Boudreaux

Robert L. Bradley, Jr

Tyler Cowen

Michael Cox

Richard Epstein

Michael Gough

Tibor Machan

Randal O'Toole

弗农·史密斯

Thomas Szasz

Robert Corn-Revere

兰迪·巴内特

James Bovard

詹姆斯·M·布坎南

Steve H. Hanke

弗里德里克·哈耶克

Andrei Illarionov

Penn Jillette

David Kopel

Johan Norberg

P. J. O'Rourke

Jim Powell