民国后，马占鳌子系在政争中淡出历史，马海宴子系和马千龄子系分据青海（青马）和宁夏（宁马），先后投靠北洋政府和国民政府（冯玉祥、蒋介石），逐渐养大成为割据一方的封建军阀。

1936年10月，红四方面军2.18万人西渡黄河组成西路军，经河西走廊向新疆方向前进，意图打通与当时苏联的西北通道。

马家军马步芳部，马步青部对红军作战，马步芳派遣马元海，马步青派遣马廷祥（后被红军击毙）为前线总指挥。

红军与马家军在黄河沿岸，永昌、古浪、高台、倪家营子进行了激烈战斗，多次击退马家军。由于战略错误以及马家军的凶狠攻击，最终不能击败马家军，几乎全军覆没，大部分红军战士都在作战中英勇牺牲了；这年5月1日，中共中央派陈云、滕代远带着几十辆汽车，满载着服装和慰问品，与西路军余部（李先念、程世才率领）在猩猩峡（星星峡）会见，送他们到了新疆，结束了这次悲壮的西征。

1933年冬，蒋介石任命孙殿英为青海西区屯垦督办，令他率领所部四十一军，率大军进攻宁夏。孙殿英志在吞并西北。马鸿逵、马鸿宾、马步芳、马步青等恐被各个击破，地盘难保，乃联合拒孙，史称“四马拒孙”战争。同时，蒋介石也希望孙殿英军阀与马家军相互攻伐，两败俱伤。四马联军约5万余人，孙殿英兵力约7万人。经过4个月激战，以孙殿英惨遭毁灭性打击而告终。

1937年8月，马步芳、马步青派遣军队参加抗战，征调大通、互助、湟源3个县的民团共8000余人组成。其中有回、汉、撒拉、东乡、保安、藏等各民族人民，以回族较多。

全师辖3个旅。 马步芳、马步青先后派出了两个师的兵力，分别是暂编骑兵第一师和暂编骑兵第二师。第一师师长是马彪，第二师师师长是马禄。

1938年4月，骑兵师奉调黄泛区的扶沟、鄢陵、西华等县，担负这一线的河防任务，马家军在此重创日军。1939年春，骑兵师又调驻周口至界首一带的黄泛区，防御淮阳一线日军。

抗战胜利后，蒋介石准备发动全面内战，他极力拉拢西北三马为打内战而效命，先后任命马鸿逵、马鸿宾为西北军政长官公署副长官（长官为张治中）。

然而马步芳与马鸿逵矛盾重重，使得马步芳领导的青马部队和马鸿逵领导的宁马部队无法协调统一作战，使得马家军在西北的实力锐减。

十几年来，马家军的恶行梦魇一样压在红军幸存者的心里：徐向前自河西兵败后，一直想率部队打回去，为牺牲的战友们报仇。1949年，毛泽东和中央原本已有意让他带兵解放西北，可是这时徐向前却病倒军中，只好将这个使命交给了彭德怀；彭德怀率第一野战军挺进甘肃、青海，在兰州战役中痛歼马家军精锐，终于为西路军的无数英魂一洗前仇。

1949年8月20、21日，中国人民解放军第一野战军在彭德怀的率领下，发起兰州战役，首战遭到青马反击而失败，没有得到一个阵地，被称为兰州战役的“试攻”阶段。

8月25日，解放军发起兰州战役的总攻；经激战，攻占被称为“兰州锁钥”的沈家岭、狗娃山、古城岭、马架山和皋南山最高峰营盘岭，兰州城直接暴露在解放军的炮火前。

兰州城防指挥官马继援，见外围主阵地一日相继失守，伤亡又惨重，外面援军无踪无影，同马步芳密商后，决定在那天乘夜幕全线秘密通过黄河铁桥，向西宁方向撤退。但是，黄河铁桥迅速被解放军控制，除马继援等人率一部逃走外，余部成了瓮中之鳖。一路上满目溃兵，人马争道，车辆横冲直撞，自相践踏，死伤累累。至26日12时，解放军全歼兰州残敌，解放兰州。

兰州战役，是西北解放战争中规模最大、战斗最激烈的一次城市攻坚战。第一野战军以伤亡8700余人的代价，歼灭敌人2.7万余人，消灭了马步芳集团的主力第82军三个师大部、第129军两个师各一部和三个保安团，缴获大批武器装备和军用物资，打开了进军青海、宁夏、新疆的门户。

彭德怀又命王震率第1兵团乘胜追击，直逼青海西宁城下，西宁岌岌可危。逃到西宁的马继援惊慌失措，不敢久留，惶惶然爬上飞机出逃重庆。马家军苦心经营几十年的西宁城内官兵顿时作鸟兽散，西宁城霎时间成为一座空城。9月5日，第1野战军第1兵团第1军先遣骑兵侦察队600人抵达西宁。次日，第1军第2师5团在副军长兼2师师长王尚荣率领下，举行了声势浩大的入城式。马步芳先其进入新疆的骑5军，也在9月下旬参与了陶峙岳、包尔汉的起义。军长马呈祥因不愿参加起义，被“礼送”出境。至此，马步芳家族拥有的武装力量全部瓦解。

消灭马鸿逵集团，解放宁夏的任务，则是由杨得志第19兵团完成的。那时，宁夏的马鸿逵集团，仍企图继续顽抗，以银川为中心，依据黄河天险，在南起靖远、同心，北至金积、青铜峡、灵武地域内，构成两道防线，由马鸿逵儿子马敦静统一指挥，妄图阻止我军解放宁夏。

毛泽东为了早日结束战争，使生灵尽量少遭涂炭，曾对西北解放军下达过“对宁夏二马可在军事打击下，尽量争取用政治方式加以解决”的指示。

1949年8月6日，也就是第一野战军发布进攻兰州的作战命令的两天后，毛泽东致电彭德怀并贺龙、习仲勋《兼取政治方式解决西北地区》，其中说：9月9日，杨得志第19兵团兵分三路，挥师宁夏，很快突破第一道防线，进逼第二道防线——中卫和中宁两大重镇。　马敦静集结所属128军、11军凭借金积和青铜峡的险要地势与19兵团决战，指示部下准备掘堤放水，陷金积、灵武、吴忠堡地区以成泽国，阻止人民解放军前进。在第一道防线被攻破后，他又调兵遣将。调整部署，重点防守老巢银川。

9月19日11时，解放军第64军的两个师，分左右两翼，向金积一线猛扑，揭开了金灵战役的序幕。与此同时，解放军第63军由石空堡北渡黄河，沿黄河两岸北进，直指银川。

马敦静一面令工兵炸堤放水，将数十里黄河河堤崩裂坍塌，企图用洪水阻挡住解放军的进攻；一面慌忙将前线指挥的大权交给了第128军军长卢忠良，自己直奔机场，钻进一架早已准备好的座机，逃往重庆。

相约死守银川的马鸿逵父子俩，却在重庆见了面，二人相对而泣。

马鸿逵父子逃走后，树倒猢狲散。宁夏兵团斗志全无，士兵成批逃亡，军官们向我军发出求和电报。到了19日晚，马鸿逵在重庆用电台与宁夏的部下联系，得知诸将已发出求和电报，便要与他们讲话。结果，没有一人与他讲话。此时的马鸿逵惨笑，继而嚎啕大哭。

9月23日下午，宁夏兵团代表与解放军19兵团达成《和平解决宁夏问题之协议》。至此，“宁夏王”马鸿逵苦心孤诣经营数十年的老巢土崩瓦解。

1949年，马家军主要头目在与解放军的争斗中失败；马步芳，马步青与马鸿逵追随国民政府败退台湾，而后辗转至他国，最后终老于他乡。

马鸿逵离开台湾后长期居留美国洛杉矶，1970年1月14日在洛杉矶去世。

马步芳移居沙特阿拉伯。1957年，台湾当局任命他为“驻沙特阿拉伯大使”，1960年由于个人生活作风问题辞职；1975年7月31日，马步芳在沙特阿拉伯去世。

马步青飞到了台湾，在台湾历任“国防部”中将参议，台湾“总统府”国策顾问，国民党中央评议委员等职。1977年2月9日因病在台北市去世，终年79岁。

马鸿宾兰州战役后宣布起义，中华人民共和国成立后转任甘肃省人民政府副省长，1960年病逝。