1960年，苏哈托出任印尼陆军参谋长第一助理。5年后，苏加诺任命苏哈托为陆军战略后备司令，少将军衔。

印尼共和国独立之后，国内各派政治力量矛盾重重，为扭转政治局面，苏加诺总统在国防上奉行反帝反殖立场，与社会主义国家加强合作。在国内，苏加诺大力扶持印尼共产党。此时，印尼国内危机暗伏，陆军里中右势力对苏加诺的言行非常怨恨。1965年9月21日，40名陆军高级军官组成的“将领委员会”在军法学院秘密集会，准备于10月5日印尼建军节时发动政变，推翻苏加诺政府。

1965年9月30日，印尼“九·三O”事件爆发，苏加诺总统的卫队长翁东中校也获悉了“将领委员会”的阴谋，于是联络其他左翼军官，决定采取先发制人的武装行动，绑架陆军主要领导人，保卫苏加诺总统，使预谋的政变胎死腹中。但翁东没有苏哈托列入绑架名单，甚至他在行动之前还两次面见苏哈托。10月1日清晨6时整，苏哈托接到一名部长的报告，驱车赶往陆军战略后备司令部。与此同时，他暂时接管陆军司令部的领导权。9时一刻，苏哈托召开参谋部会议，宣布翁东中校“发动政变，企图用暴力手段夺取国家政权”。会议决定立即反击，并由苏哈托统一指挥反击行动。到了晚上7时，苏哈托的印尼陆军已占领了国家广播电台和电讯局，印尼国家广播电台播出了苏哈托将军的录音讲话。第二天，苏哈托拒绝了苏加诺关于政治解决危机的要求，并迫使苏加诺任命他为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令。

1967年3月7日，苏哈托出任代理总统，苏加诺仍保留总统职位。

1968年3月27日，苏哈托正式担任印尼共和国总统。

苏哈托执政时期，印度尼西亚先后举行了6次大选，选举立法机构成员，即1971年、1977年、1982年、1987年、1992年和1997年。印度尼西亚大选，初期是选举国会、地方国会议员。

1971年7月5日，印尼举行了第二次大选，也是苏哈托执政时期举行的第一次大选，支持苏哈托的专业集团占据多数席位，苏哈托连任总统。

1977年5月2日，印度尼西亚举行了第三次大选。议席分配方案与1971年大选相同，即根据选举票数分配。专业集团获232席，比1971年大选减少了4席，苏哈托连任总统。

1982年5月4日，印度尼西亚举行了第四次大选。除亚齐外，专业集团在其他选区获胜，与1977年大选相比，增加了10席。苏哈托再次担任总统。

1987年4月23日，印度尼西亚举行了第五次大选。专业集团获得299席，增加了53席。苏哈托第五次担任总统。

1992年6月9日，印度尼西亚举行第六次大选。与1987年大选相比，专业集团的选票减少。从1987年大选的299席降至282席，减少了17席。

1997年5月29日，印度尼西亚举行第七次大选。专业集团获得325席，增加了43席。苏哈托最后一次当选总统。

1997年7月，东南亚国家爆发金融危机，印尼经济遭到毁灭性打击。自1998年2月下旬起，印尼局势急剧动荡，社会矛盾加剧，导致一系列骚乱事件的发生。社会各界强烈要求苏哈托下台。政治危机使经济危机加剧，印尼在国际货币基金组织帮助下拟定的振兴经济的计划成为泡影，金融市场持续剧烈动荡。

为了挽救危局，在埃及参加15国首脑会议的苏哈托提前一天于1998年5月15日凌晨回国，立即召见了主要部长及军方领导人，讨论了当前的局势，宣布接受各界提出的政治、经济和司法改革建议，决定从16日起降低燃油和电力的价格，并免费向市民分发一些生活必需品等等。但苏哈托拟组建“改革委员会”和新内阁的措施因受到军政官员的抵制而流产。

1998年5月18日，国会议长哈尔莫科发表声明，希望苏哈托为了国家的团结辞职。但印尼国防部长兼武装部队司令维兰托将军表示反对。5月20日，军方领导人召开会议，决定要苏哈托总统辞职。当天晚上，军队领导人一起向苏哈托表达了这一决定。5月21日上午10时，苏哈托在印度尼西亚雅加达总统府官邸向印尼全国人民发表广播讲话，宣布下台。将权力移交给副总统哈比比。

1998年5月，苏哈托被迫辞职以来数度入院治疗。

1998年后，苏哈托还数次患中风，而且他还患有肺部和肾脏疾病。

2000年8月，印尼总检察院以贪污罪起诉苏哈托，地方法院曾数次开庭审理此案，但苏哈托均以“身体状况不佳”为由拒绝出庭，最后案件不了了之。

2006年5月12日，印尼总检察长萨利赫宣布，鉴于苏哈托身体状况恶化，总检察长办公室中止对苏哈托涉嫌贪污案的司法审查程序。

2007年7月，印尼检察部门又正式向雅加达南区法院提起对苏哈托的民事诉讼，指控他在担任总统期间利用个人创立的教育基金贪污相当于4.4亿美元的巨额资金。

2008年1月4日，苏哈托因心、肺疾病住进医院。苏哈托因贫血、心率低、内脏器肿大导致情况危急而住院接受治疗的。入院之后，苏哈托的病情迅速恶化。

2008年1月13日上午，病重住院的苏哈托病情进一步恶化，医疗小组已经采取了多项急救措施，但情况仍“非常危险”。1月27日下午1点10分，苏哈托因多个器官衰竭病亡，终年87岁。

苏哈托的统治被称为印尼的“新秩序”时期，此种二分法旨在区别苏加诺统治了20年的“旧秩序”时代。这不仅意味着苏哈托是新的一国之主，“新”字还体现在印尼社会政治生活迎来了新面孔，并形成另一种风格的统治集团。该集团以苏哈托为核心，由武装部队、知识分子、宗教团体以及各个政党联合，构建了所谓的“潘查希拉民主”政体。利用这个不容许反对派存在的体制，苏哈托一手掌控了印尼的内政和外交。

军队在印尼政府中一直发挥着独特的作用。军队是苏哈托维护统治的最主要工具。在苏哈托时期，军队是唯一负有安全和政治双重职能的机构。为使军队名正言顺地参与政治，苏哈托提出了“双重职能”理论。1982年印尼法律规定：军队不仅是一支军事力量，而且也是一支社会力量。在“双重职能”理论的指导下，军队全方位参与政治生活。在中央机构，内阁27名部长中有12名是军人，他们占据了国防安全部、内政部和经济部门的重要职位；在地方政府，军人势力也大举介人。1971年大选后，军人占据了26名省长中的22名。1969年，271名市长和县长中有147名军人。到1971年，这个比例更升至2/3。另外，军人在国家最高权力机关中也有代表。500名人民代表会议成员中有100名由总统从军队中指定。在经济领域，军方也把持了不少关系国计民生的重要领域。在苏哈托执政时期，不仅政府介入市场，连军队也大办公司。由于军队在印尼政坛中参政涉政的情况过于突出，严密管制媒体，压制反对派声音，人民的意见没有正常的表达渠道，严重影响了印尼的民主进程，问题日积月累，直至积重难返。

苏哈诺统治时期，由于政党林立，矛盾和纷争接连不断，致使内阁更换频繁，导致政局动荡不安，使得政府软弱无力。为了在新政权中杜绝这种现象，苏哈托采取了一系列控制政党的措施。

第一，镇压和取缔共产党。苏哈托借口共产党参与“9·30”事件对其进行残酷镇压。印共有50万党员被杀，30万人被捕，大多数领导人被处决，组织遭到彻底破坏。1968年，临时人民协商会议第四十三项决定规定，采取一切必要的措施防止印度尼西亚共产党的重新出现。苏哈托也声称，“如果有谁还想在印度尼西亚恢复共产党的活动，那我们的国家机器就将坚决予以镇压”。

第二，简化政党。为了缓和旧秩序时期意识形态间的尖锐对立，苏哈托取缔了印尼共产党，并促使伊斯兰教非政治化，严格控制其政治的影响。1973年，苏哈托强行进行政党合并。他要求各政党在精神和物质两者间选择其一作为自己的纲领。选择“先物质、后精神”的印尼民族党、基督教党、天主教党、平民党和印度尼西亚独立维护者协会五个政党被合并为“印尼民主党”，而选择“先精神、后物质”的伊斯兰教师联合会、印度尼西亚穆斯林党、伊斯兰教联盟党和白尔蒂伊斯兰教党被合并为“建设团结党”。这次合并的主要目的是限制政治党派的动员能力，进一步牵制并控制政党实力的做大。苏哈托通过精简政党运动，使由军人和职业团体组织构成的专业集团党成为印尼第一大党。通过专业集团党和军队两大支柱，苏哈托牢牢控制了印尼的政治经济大权。稳定的党政军联盟增强了印尼政府的能力，为印尼国家整合提供了坚实的基础。

第三，推行潘查希拉。潘查希拉就是印度尼西亚的建国五项原则，是印尼共和国立国的基础。苏哈托利用潘查希拉来统一各政党的意识形态，使得印尼民主党和建设团结党的政党特色大大削弱，对选民的吸引力大大降低。

第四，实行“漂浮”政策。印尼政党法规定，农民仅在大选时才可参与选举活动，其余时间专心生产，禁止任何政党在非大选期间到乡村进行政治活动。这就使印尼民主党和建设团结党无法在农村进行宣传和施加影响。

第五，限制“不安分”的政党。建设团结党在1977年大选中获得很大成功，引起苏哈托的警觉，他的对策是：其一，通过专业集团扩大吸收伊斯兰代表；其二，加强与该党领导人的对话，支持其中的温和派来对抗正统路线的强硬分子；其三，把原由该党控制的宗教事务部部长改由军人担任；其四，拉拢民族主义势力对抗穆斯林势力。这些措施效果显著。1984年，伊斯兰教师联合会退出建设团结党，加入政府控制的专业集团。建设团结党深受打击，力量大大下降。

1965年“9·30”事件之前，印尼人均国民收入仅为90美元，通货膨胀却达到650％，财政赤字高达15.66万亿盾，外债累计225亿美元，经济濒临崩溃的边缘。苏哈托上台以后，先用3年时间稳定国内经济，然后从1969年4月开始有计划地进行经济建设。20世纪70年代的经济战略主要是发展国内替代进口工业。20世纪70年代后期与80年代则是发展出口导向型企业和扩大投资。具体措施如下：

首先，大力吸引外资。苏哈托政府将以前被接管的外资企业全部归还原主，对已经被国有化的荷兰企业予以补偿。1967年1月，政府制定了《外国投资法令》，为外商创造良好的投资环境并给予优惠待遇。

其次，扶持民族私有工业，特别是放松了对华商的限制。1967年6月，政府颁布《解决华人问题的基本政策》，认为对于华人资本“有必要加以动员，并利用在发展与建设方面”。1968年制订的《国内投资法令》则为国内私人资本提供了许多优惠政策。这使得私人资本特别是华人资本在印尼迅速地发展起来。

第三，开发油气资源，带动整个经济的发展。印尼政府通过“产品分享制”与外国石油公司合作开发石油和天然气，将获得的巨额收入投入到国家经济建设中去。

第四，发展林业和以稻米为主的农业。1967年，印尼颁布新的森林法，鼓励国内外资本投资林业部门，使印尼迅速成为世界上主要的木材和胶合板生产国与出口国。政府还采取许多措施促进稻米的生产，如扩大种植面积，增加投资，发展科技等。经过15年的努力，印尼在1984年实现了大米的自给自足。

第五，大力发展工业。20世纪70年代重点发展“进口替代工业”，特别是轻纺工业，以满足人民对日用品的需求。20世纪80年代实行“面向出口”战略，主要大力发展出口加工制造业，以改变以往过度依赖油气的经济结构。

苏哈托执政时期，印尼取得了令人瞩目的经济成就。1969—1994年间，印尼国民经济保持了年平均6.18％的增长速度，其中工业部门产值年均增长12％，制造业产值在国内生产总值中的比重从1969年的9.12％上升到1994年的21.13％。贫困人口也从1970年的7000万人减少到1990年的2700万人，占总人口的比重从60％下降到15％。这些经济成就不仅使国民的生活水平有了很大提高，也使印尼的国际地位显著上升，这是苏哈托能长期掌控政权的主要原因之一。

印度尼西亚是一个多民族国家，由于地缘及人为因素，主体民族与非主体民族之间的矛盾日益突出，尤其在长达32年“威权政治”统治下的苏哈托时期。

苏哈托虽然在执政之后，颁布了《关于印尼外裔公民的基本政策的号总统决定书》规定印尼外裔公民按照政府的法律同其他印尼民族具有同等地位，印尼外裔公民同其他印度尼西亚民族在行使权利和履行义务方面并无任何区别。但苏哈托实际极力推行民族不平等的政策，政府要员主要都是由爪哇人组成。在苏哈托政府中，“大约有2000名精英掌控印尼政治，其中只有数十人是非爪哇人”，“新秩序时期”实行的分配制度和政策都明显的向主体民族爪哇族倾斜，在政治、经济、文化领域爪哇人都拥有着相当规模的特权，这直接导致了印尼20世纪90年代愈演愈烈的民族分离主义浪潮。

苏哈托执政时期，还大力排斥华人等非主体民族，对华人实行了全面同化的政策，苏哈托谈到，“我们向印尼籍华人建议，他们不应该再拖延使他们自己同化和结合到印尼社会中去的行动。”在同化政策中，处于少数民族地位的华族在社会生活各方面遭受不平等待遇，如较为突出的“改名换姓”政策。1969年印尼政府颁布了《内政部长关于改名换姓的年第号指示》，要求选择确切的印尼姓名对居民进行两种登记，即一种是对印尼公民，另一种是对外国公民。在社会生活其它方面，华人也受到诸多歧视。印尼华裔的身份证被打上或其它的特殊记号，中印复交后雅加达当局下令予以取消，但不少地方仍未改变，首都必须办“市民登记证”。一些地方的村长仍在华裔居民证上注明“外来族裔公民”的字样。当时中国的华侨居多，国营锡矿公司却拒绝招收华侨矿工，即使是印尼裔华人矿工也受到限制，理由是要保障印尼族裔的劳动权利。

在苏哈托统治的1968—1998年间，印尼外交号称奉行继承自上一个政权的独立自主的中立原则。实践中，苏哈托试图远离共产主义世界，争取西方阵营的金融和技术援助，外交政策暗地里倒向西方阵营。“新秩序”印尼的经济蓝图由西方中心思想的经济家们设计，国防力量用从北约国家进口的武器装备。后苏加诺时期的印尼与其他东南亚国家共同成立东盟组织，并与中国断交。

苏哈托政权介入国际争端并非没有前例。印尼曾经派出“神鹰部队”前往某些东南亚国家参与维和行动。这支部队完成的68次海外任务中，至少40次发生在苏哈托统治时期。值得注意的是，直到1990年代，印尼的大部分维和行动都发生在中东国家，1991年后维和部队才开始派往柬埔寨和菲律宾等东南亚邻国。这种变化反映出印尼对维护东南亚地区稳定的兴趣和意识在提升，或者换句话说，印尼开始看到了地区不稳定对本国利益的威胁。但必须指出，印尼派出“神鹰部队”参与维和与介入南海争端性质完全不同，南海争端中印尼在东南亚国家和与之正式复交的中国之间扮演了直率的中间人的角色。

苏哈托撰写的个人传记《苏哈托自传：我的思想、言论和行动》中译本1991年由世界知识出版社出版。

苏哈托的妻子茜蒂·哈蒂娜出身于中爪哇，1923年8月23日生于中爪哇梅罗市。伊斯兰教徒。受过荷印小学教育，早年曾在梭罗文化中心工作，当过红十字会会员。1947年12月26日与苏哈托结婚。1963年苏哈托任陆军战略后备部队司令后参加军人眷属协会，后任顾问。1966年创办国防安全部家属福利协会，任总主席。后又担任印尼童子军运动第二副主席、印尼幼稚园教师总会、印尼妇女体育会等一些组织的名誉会长。1972年创办“我们的希望基金会”，并任该基金会主席。她还是加迪加查雅基金会主席、加迪力占德拉旅馆与电影有限公司的董事长。曾获菲律宾、柬埔寨、泰国、马来西亚和联邦德国授予的勋章。

两人婚后有3子3女。

长女西蒂：拥有一家交通运输公司和一个火力发电厂，同时拥有中亚银行的股份。

长子薛狄：全国最大汽车集团的最大股东。

次子巴姆班：他控股的公司经营范围涉及电视、银行、酒店、石油化工、运输和通讯等。

次女凯迪蒂：经营范围涵盖银行业和建筑业，取得建造苏门答腊通往马来西亚的大桥的合同。

幼子胡多莫：经营汽车制造、石油和天然气开发等，拥有香烟厂及一些国内航空公司的股权。

幼女胡塔美：其公司负责雅加达海岸填海工程。

下台后的苏哈托在雅加达的寓所内深居简出，很少参加社会活动。期间，他的子女被清扫出国会，儿媳、弟弟被司法部门审讯，家族在国有企业中的股份也被退还。苏哈托的小儿子汤米因策划谋杀法官、私藏武器和畏罪潜逃等3项罪名于2002年被雅加达中区法院判处15年监禁。

印尼民众有的称赞苏哈托促进了印尼经济增长，有的则批评他“独裁、腐败”。印尼的一名大学教授认为，“苏哈托担任印尼总统期间，他的统治就像是黑社会和黑手党一样。苏哈托破坏了印尼的一切，包括国会、法律以及政治制度，在他统治期间，印尼的军队和警察完全变成了他的私人工具，对印尼人民进行野蛮的屠杀和掠夺。他以及整个家族掠夺来的财富，其实正是印尼人民多年来失去的。苏哈托家族在印尼垄断了四分之三的国家经济，他们将绝大部分财产转移到了国外，特别是转移到了瑞士银行的财产最多。苏哈托浪费了印尼人民最精华的几年时间，他理应接受人民的审判。”（央视网评）

中国学者徐东升认为，苏哈托的辞职，结束了印尼独立以来最长久的强人统治。30多年来，苏哈托牢牢地控制着印尼的政局，印尼的稳定和统一，或本地区的平衡发展，都有他的一份功劳。令人惋惜的是，苏哈托和他的党朋及家庭成员建立起来的裙带关系及体制，严重败坏了印尼的政治、经济及社会风气，整个国家贿赂成风，贪污横行，国家建设和经济发展无法按照正常的规律进行，大部分印尼人生活在贫穷线以下。

中国学者白烁认为，苏哈托是一个典型的威权主义者，通过实行军事高压政策来控制国内局势，打击异己，成千上万的人死于他的镇压中。但同时他重视发展经济，对外开放，加强与外部世界的贸易联系，敞开投资大门。他自己没读过多少书，却善用能干懂行的经济学家和行政人员担当高官，只要不挑战他的权威就行。自上世纪70年代以来，印尼跻身“亚洲四小虎”而备受世人瞩目，贫穷人数减少，苏哈托也被国人尊称为“印尼建设之父”。他是亚洲家族政治的一面镜子，强势上台，严厉镇压反对者，但同时以经济发展博得掌权的合法性，不少国民的生活水平有所提高。家族政治的特征是私权不可避免地吞噬公权，家族利益高于国家利益，最终落得国败家破，让人爱恨交织。他的去世，或许意味着亚洲家族政治将走向终结。他享受着国葬待遇，也带着家族政治陪葬。

印尼前总统苏西洛表示：“我在此呼吁印尼人民，对苏哈托——印尼人民最优秀的儿子之一——表示最崇高的敬意。他是整个国家和民族的伟大领袖，他为国家和民族作出了巨大的贡献和辛劳。”

澳大利亚总理陆克文称苏哈托是“一位在澳洲及周边地区有影响力的重要人物”。但是陆克文同时也承认，苏哈托“在人权问题以及东帝汶问题上是一个有争议的人物”。

马来西亚外长赛义德·哈米德则表示，苏哈托的去世是该地区的“一个巨大损失”。阿尔巴强调说，“尽管在其总统生涯末期发生了许多事情，但他的确为印尼经济发展和东盟作出了贡献”。

菲律宾总统阿罗约也表示，苏哈托“将不会被遗忘”。阿罗约盛赞苏哈托在东南亚地区的领导作用，她说：“苏哈托作为东盟创始人之一，具有高瞻远瞩的政治眼光，为在相互尊敬理解的基础上建立一个更和平、进步和繁荣的东南亚作出了巨大贡献。”阿罗约并称赞苏哈托在推进菲律宾南部棉兰老岛走向和平事件中做出了贡献。

新加坡前总理李光耀认为，苏哈托原本是农民的孩子，加入日本占领军成为士兵，之后擢升为下士。之后在独立斗争中，他崛起成为对抗回归的荷兰部队的领袖，他因此成为军队的一部分。他不曾上过中学，他认为自己是所有苏丹中最大的苏丹。而他身为苏丹中的大苏丹，就必须给予他的家族和朋友所需的照顾。除此之外，他从荷兰人手中继承了腐败和无效率的行政，他在执政初期必须临时凑合，每个部长都似乎建立了自己的小政府或帝国，但是他带来进步。主要在爪哇和一些城市如棉兰、马卡萨或咨厘。虽然只是零零散散的，但是摆脱了苏加诺（支持共产主义的前任总统）的混乱和高通货膨胀，他带来了踏实和生机。

美国中央情报局的秘密调查资料显示，苏哈托家族的资产总值曾一度膨胀到400亿美元。苏哈托的长女西蒂曾担任内阁社会事务部长，他的4个儿女和一个儿媳是国会议员。显赫的政治权力为家族从商、牟取私利大开方便之门。苏哈托的6个子女控制了印尼的金融、汽车、电力、建筑、交通运输、森林、矿山、新闻媒介和房地产等产业，几乎每个经济部门都有苏哈托家族的人。苏哈托曾通过贪污、垄断、补贴等手段来为自己的家族及亲信致富，据估计，苏哈托家族的资产总值达150亿美元。

1999年美国《时代》周刊报道说，苏哈托及其家族非法聚敛了数百亿美元的资产，其中150亿美元藏匿在海外。

2007年9月17日，为帮助发展中国家追回被贪污的国家资产，联合国和世界银行发表了一份被称为“全球贪腐榜”的“追回被盗资产倡议”，其中将苏哈托列为全球首贪，称其非法所得高达150亿至350亿美元。

苏哈托下台后，有关他家族的财产调查清理开始了。这是印尼公众反应最为强烈的问题之一，他们要求将苏哈托的财产充公。印尼的一些知名人士、律师、企业家已在1998年5月29日成立一个委员会，目的是把有关“因国家财产被侵吞而使人民如此贫困”的各种情况集中起来。利用石油开发牟利的苏哈托家族的各公司也被列入调查名单，人们发现，苏哈托家族控制的120家公司通过与国家石油公司签署承包合同中获利，国营石油公司因而成为苏哈托家族的“摇钱树”。苏哈托的次子班邦和女婿德拉鲁马纳迫于压力，最分别辞去了比曼塔拉商业集团的主席和总裁职务，消息传出后，该集团的股价立刻上涨100盾，投资者对此做出肯定的反应。

随着调查的进行，该家族的掠夺资财令人心惊。苏哈托次子班邦曾强行借属下银行20%以上的贷款注入其公司名下救急，而不管其他企业的死活。但是，苏哈托的同父异母弟弟普罗博苏特佐说，有关苏哈托家族财产的情况被夸大了，印尼公众错误地指责了苏哈托，他的家族没有贪财，他们愿意接受调查。他强调指出，苏哈托一家在大多数合资公司中没有得到多大的财富，这是由于他们的合伙人都贪得无厌。苏哈托经营的好几家公司已经停业。他把苏哈托说成一个清白无辜的人，很多印尼人对他的说法嗤之以鼻。

苏哈托在武力平息“9·30运动”后，还下令“拍摄”了一部所谓印尼共产党残杀陆军将领真相的影片，渲染印尼共产党的“残暴罪行”，并规定每年在全国重复放映。1994年，印度尼西亚官方机构出版《“9·30运动”是印度尼西亚共产党暴动》一书，将它定为阐释“9·30运动”真相的“正式版本”，并作为各级学校讲授有关“9·30运动”历史的“教科书”和从事相关研究工作的“依据”。此后，苏哈托对“9·30运动”的定性就成为不容置疑的“定论”。

然而，由于没有确凿的证据，人们越来越怀疑这一结论的真实性。美国康乃尔大学研究印度尼西亚政治历史的专家贝尼迪克·安德逊等人，就对这一事件的原因、性质及其后果作了分析探讨，认为“9·30运动”很可能是由印度尼西亚陆军内部的权力斗争所引起，而由于印尼共产党主要领导人对形势的错误判断和冒险卷入的鲁莽行动，终于被苏哈托利用为取缔印尼共产党的“合法理由”。其后，也有人认为“9·30运动”不过是苏哈托为夺取权力而自导自演、嫁祸于人的骗人把戏。1974年，康乃尔大学出版了澳大利亚学者雷克思·莫蒂默撰写的《苏加诺时期印度尼西亚的共产主义：意识形态与政治，1959—1965》 一书。这部著作从苏加诺实行“有领导的民主”时期的政治发展分析了“9·30运动”发生的原因、经过及后果。1978年，康乃尔大学又出版了哈罗德·克劳驰所著《印度尼西亚的军队与政治》，对印度尼西亚军队内部的政治派系作了系统的分析，揭示了军队内部权力斗争的历史，从而有助于读者了解“9·30运动”爆发的各种因素。在苏哈托实际掌控了最高权力后，印尼共产党的主要领导人均未经审判而被秘密杀害，涉及“9·30运动”的少数人被送上特别军事法庭，并被判处死刑或多年徒刑，但是审判过程和记录均未见公布。甚至苏哈托自称苏加诺总统签署授予他全权的《3月11日命令书》也一直未见踪影，印尼国家档案馆只存有它的复印件。

陆军上校拉蒂夫在“9·30运动”发生前是雅加达卫戍部队第一旅旅长。拉蒂夫在自我辩护词中披露了许多重要事实，包括他在“9·30运动”发生前几天就曾多次向时任战略后备司令部司令苏哈托少将报告这一信息，并希望苏哈托迅速采取应对措施。苏哈托的回答是他已经得知此事，却没有向他的上级领导即国防部长纳苏蒂安和陆军司令雅尼汇报。为了制止拉蒂夫说出真相，苏哈托在镇压“9·30运动”后，立即以“参与阴谋推翻苏加诺政府和颠覆共和国”的罪名，未经审判就将拉蒂夫逮捕入狱，直到1978年才由苏哈托成立的特别军事法庭判处无期徒刑。拉蒂夫受尽酷刑折磨，却坚持活到苏哈托下台后，于1999年终于获释。拉蒂夫自己当年在特别军事法庭上的辩护词，是说明“9·30运动”真相的最重要史料，也是揭露苏哈托罪行的最有力证据。拉蒂夫的辩护词公布后，在社会上引起了极大的轰动，声讨苏哈托罪行的声浪更加高涨。然而，由于瓦希德和梅加瓦蒂当政伊始，立足未稳，政局动荡，特别是所有司法机构都还掌握在苏哈托部属手中，苏哈托最终有惊无险，没有受到任何法律追究。

最终，苏哈托因政变和屠杀于2016年被国际人民法庭1965裁决犯有反人类罪。2022年8月22日，印度尼西亚总统办公室发布声明，印度尼西亚将对13起未解决的侵犯人权案件开展调查，其中大部分来自前总统苏哈托时期，9起案件发生在2000年之前。这是印尼政府首次开展对苏哈托时期的类似调查。